道观创建于西晋咸宁二年（276年），初名真庆道院。据道光《元妙观志》图载，清代玄妙观全盛时占地约5.5万平方米，共有30多座殿阁。中轴线上自南而北依次为正山门、三清殿、弥罗宝阁，山门外原先还有观桥和照墙。其他殿阁分布在20多处自成院落的“子院”内，如众星拱月般从东、西、北三面围绕着中轴线上的主要殿阁，形成一片巍峨壮丽的建筑群，成为苏城道教宫观之首和城中游览胜地。但自咸丰、同治之际遭受战祸波及后，即渐趋衰落，未能恢复旧观。

　　观内现存较为完整的殿阁，东有财神殿、天医药王殿、火神殿、三茅殿、斗母阁等，西有观音殿、三官殿等，北有蓑衣真人殿、方丈殿（灵官殿、萨祖殿、振法堂、施公祠）等，多数为清代重建，其中部分殿宇近年已修葺。保存在观内的碑刻有数十种，上起宋代，下迄清末，不仅记载了玄妙观的沿革变迁，而且对研究政治、经济、社会、文化、宗教和民情风俗也有一定史料价值。

　　玄妙观三清殿是长江以南最大的木构古建筑。它既是宋代官式建筑的代表，也表现出地方性建筑的特点，是研究宋代南、北建筑差异的重要例证。其内槽中央四缝所用六铺作重抄上昂斗拱，为国内唯一可珍贵之孤例，被誉为建筑史上的经典之作。